酿制日本清酒需要用到米、水和酒曲。通常使用被称为“酿酒用米”的大米来进行酿制。这类大米具有蛋白质和脂肪含量低、吸水力强、破精（曲霉菌丝的繁殖）程度高、蒸米糖化状况好、颗粒大且有心白（米粒中心富含淀粉质的部分）等优点。正如其名，这种大米十分适合用来酿酒。日本清酒的产地和种类不尽相同，如兵库县产、和歌山县产，酿酒用米则有山田锦、雄町、出羽燦燦等等。

尽管被称为“酿酒用米”，但其外层依然含有很多蛋白质、脂肪等影响口味的成分。因此，日本清酒的酿制首先从把酿酒米的糙米精磨成白米这道工序开始。比如纯米需精磨至58~65%，与此相比，大吟酿则需达到35%~50%。根据精磨百分比的不同，酒的种类也会发生改变。此时需要留心注意的是，不能破坏了心白这一米粒中心所含的美味成分。精磨程度越高，外层的蛋白质、脂肪及矿物质等含量就越少，酿制出的吟酿酒香扑鼻、风味高雅。

进入酿造期，酒窖里几乎每天都要洗米。仔细手洗精磨后的白米，除去残留的米糠成分，期间要注意不能划破米粒。洗米后放到酿酒用水里浸泡，让米粒吸收适量的水分。酒的种类决定了浸泡时需要让米粒吸收多少水分。其中也有以秒为单位控制浸泡时间的条件严格的酒，因此需要特别留心注意。

浸泡过的米粒沥干多余的水分之后，进入到蒸米环节。蒸米有甑桶蒸制和机器蒸制两种方式。蒸制后，米粒中的淀粉质胶化，米曲变得易于分解。通常认为，若能在此阶段得到富有弹性的蒸米，就能酿出好酒来。这一阶段的水分把控非常之重要。若米粒含水过多，则会溶解过度，使味道变淡，反之过硬则无法带出米粒中的美味。因此，找到最佳状态十分重要。这项工作只有年年观察大米熟成的专业杜氏（酿酒师）才能完成。在这一阶段，大米被分为麴米和原料制作用米。

“一曲、二酛、三造”。这是酿酒过程中常听到的难易度排序。先是左右着清酒品质的酒曲，然后是酛（亦称酒母）和酒醪，这样的管理顺序十分关键。本公司同样把制曲工序放在首位，新建制曲房，并将其设计成不通风样式以获得风味醇厚的米曲。

制曲需要3天时间。将蒸好的大米冷却至适合的温度，送入制曲房。撒上种曲（曲霉菌的芽孢子=菌丝）后，在31~42.3℃的高温下培育三天。这个工序也叫“切种”。在此期间培育出酵母，并将其与制得的酒曲、蒸米及原料制作用水混合，随后再加入酵母便能制得酛（酒母）。正如“酛”字之意，这是制作日本酒“基础”的重要工序。由米曲制得的葡萄糖在酵母作用下开始转化为酒精。此外，酵母决定着酒类的味道。即使酿制过程一样，酵母不同，其香气和风味也会不同。因此，使用什么酵母进行酿制成为关键。

之后将酒母、酒曲、蒸米、原料制作用水投入到发酵罐，正式开始酿制。酿制过程分四天三个阶段进行，第一天进行“初添（初次下料）”，第二天休息，第三天进行“仲添（二次下料）”，第四天进行“留添（最后一次下料）”。活动状态的酵母对环境变化十分敏感，因此需要慢慢增加酿制量。从酿制开始经25~30天的低温发酵后，就能酿成日本清酒。由于蒸米的糖化与发酵同时进行，因此此工序被称为“并行复发酵”。发酵分三种，分别是只进行发酵的“单发酵”、经糖化后发酵的“两段发酵”和糖化、发酵在同一个酿酒罐中进行的“并行复发酵”。日本清酒的发酵属于“并行复发酵”。

日本清酒主要在冬季酿制，因此也有“寒制”一说。若气温太高，发酵速度太快，可能导致口味变淡。即便在相同条件的同一天、同一时间下料，酿出来的酒也不是完全相同，因此并行复发酵难度大，对技术水平的要求很高。酿酒师的工作就是感知气候状况、进行完美调控。可以说，酿酒师既是酒窖的领导者，又是综合管控酿酒过程的队长。他们不仅肩负着酿酒的重责，还负责管理藏人（即在酒窖工作的人），管控酒窖内的酿酒进程。全国各地有众多酿酒师团体与流派，酿出的味道也各有不同。本公司的酿酒师属能登流，以美味与风味兼具的酒质为特点。往年一到酿酒季，酿酒师都会进入酒窖参与实际工作。如今公司设立了“社员杜氏”职位，除了酿酒之外，也负责进行全年管理。